王恭这人向来觉得自己才华门第牛得不行，谁都瞧不上。自从干翻王国宝后，更是觉得自己威望爆棚，没人敢不服。他把刘牢之当成爪牙使唤，却只拿人家当普通部将看待，刘牢之本身也挺有能耐，心里早就憋屈坏了，满是耻辱和怨恨。
元显看准这机会，派庐江太守高素去撺掇刘牢之反水，说事成之后就把王恭的位置和头衔都给他；还让道子写信给刘牢之，给他分析利弊。刘牢之跟儿子刘敬宣说：“王恭当年受先帝大恩，现在还是皇帝的舅舅，却不辅佐朝廷，好几次带兵打京城。我搞不懂他到底想干嘛，就算他成功了，难道还能屈居天子和相王之下？我想借着朝廷的威风，顺道讨伐逆贼，你觉得咋样？”刘敬宣说：“朝廷虽说没达到成康之治那么牛，但也没到幽厉那样昏庸。王恭靠着兵威，根本不把朝廷放眼里。您跟他既不是亲戚，也算不上君臣，就算共事过一阵子，关系也不咋地，现在讨伐他，没毛病啊！”
王恭的参军何澹之知道了这阴谋，赶紧告诉王恭。但王恭觉得何澹之跟刘牢之向来不对付，压根不信。还摆酒请刘牢之，当众认他当大哥，把精锐部队和好装备都给了他，让他带着帐下督颜延当先锋。结果刘牢之到了竹里，直接砍了颜延投降朝廷，还派刘敬宣和女婿东莞太守高雅之回去偷袭王恭。
当时王恭正出城阅兵，刘敬宣带着骑兵横冲直撞，王恭的兵瞬间溃散。王恭想回城，高雅之已经把城门关了。王恭只能单枪匹马逃到曲阿，他本来就不会骑马，大腿都磨出了疮。曲阿人殷确是王恭以前的部下，用船载着他想投奔桓玄，到了长塘湖，被人举报抓了，送到京城，在倪塘砍了。王恭临死前还打理了一下胡须鬓角，一脸淡定，对执行死刑的人说：“我就是瞎信人，才落得这地步。但说句良心话，我难道不是忠于国家吗？只求百年后有人还记得我王恭。”他的子弟和党羽也都被干掉了。朝廷让刘牢之接任都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵诸军事，顶替王恭的位置。
没多久，杨佺期、桓玄到了石头城，殷仲堪到了芜湖。元显从竹里火速赶回京城，派丹杨尹王恺等人征调京城几万士民守住石头城抵抗。杨佺期、桓玄等人上奏章为王恭辩解，要求杀了刘牢之。刘牢之带着北府军赶到京城，驻扎在新亭。杨佺期、桓玄看到他来了，脸都吓白了，赶紧把军队撤回蔡洲。朝廷不清楚西边军队的底细，殷仲堪等人带着几万兵马，挤满了城郊，搞得朝廷内外都慌得一批。
左卫将军桓修是桓冲的儿子，他对道子说：“西边的军队能劝服他们撤兵，我知道咋回事。殷仲堪、桓玄他们之所以牛，全靠王恭撑着，现在王恭没了，他们心里肯定发虚。要是给桓玄和杨佺期点好处，他们指定乐意；桓玄能拿捏殷仲堪，杨佺期也能反水收拾殷仲堪。”道子听了这主意，任命桓玄为江州刺史，召郗恢回朝当尚书，让杨佺期代替郗恢当都督梁、雍、秦三州诸军事兼雍州刺史，任命桓修为荆州刺史，暂时带着左卫的兵马去上任，还让刘牢之带一千人护送。把殷仲堪贬为广州刺史，派他叔叔太常殷茂去宣诏，让他赶紧退兵。
另一边，张骧的儿子张超召集了三千多户人家占了南皮，自封乌桓王，到处抢地盘。魏王拓跋珪派庾岳去收拾他。
杨轨屯兵廉川，聚集了不少夷人和汉人，手下有一万多人。王乞基对他说：“秃发氏有才又兵多，而且我本来就是他的部下，不如归顺他。”杨轨就派使者向秃发乌孤投降。没多久杨轨被羌人头子梁饥打败，往西逃到亻零海，偷袭乙弗鲜卑并占了他们的地盘。秃发乌孤对群臣说：“杨轨、王乞基来投奔我，你们不赶紧去救，让他们被羌人欺负，我太惭愧了。”平西将军浑屯说：“梁饥没什么大本事，一仗就能搞定他。”
梁饥进攻西平，西平人田玄明抓了太守郭幸自己顶上，抵抗梁饥，还送儿子去当人质求秃发乌孤救援。秃发乌孤想出兵，群臣却怕梁饥兵强马壮，大多犹豫不决。左司马赵振说：“杨轨刚败，吕氏正强势，洪池以北咱别想了。岭南五郡，说不定能拿下。大王要是没扩张的想法，当我没说；要是想搞大事业，这机会可不能错过。要是让羌人占了西平，各族都会震动，对咱们没好处。”秃发乌孤一听乐了：“我也想趁机搞点成绩，哪能窝在山沟里等死！”于是对群臣说：“梁饥要是占了西平，据险固守，就不好收拾了。他虽然勇猛，但军纪太差，容易搞定。”接着就出兵打梁饥，把他打得大败。梁饥退守龙支堡，秃发乌孤又攻下来，梁饥单枪匹马逃到浇河。这一战俘虏斩杀了几万人，任命田玄明为四平内史。乐都太守田瑶、湟河太守张裯、浇河太守王稚都带着郡城投降，岭南几万落羌人、胡人都归顺了秃发乌孤。
西秦王乞伏乾归派秦州牧乞伏益州、武卫将军慕兀、冠军将军翟瑁率两万骑兵讨伐吐谷浑。
冬季十月癸酉日，后燕群臣再次劝进，丙子日，长乐王慕容盛终于登基称帝，大赦天下，尊皇后段氏为皇太后，太妃丁氏为献庄皇后。当初兰汗掌权时，慕容盛跟着燕主慕容宝出逃，兰妃侍奉丁后更加恭敬。兰汗被诛后，慕容盛认为兰妃该受牵连，想杀了她，丁后说兰妃有保全自己的功劳，极力劝阻，才保住她的命，但终究没让她当皇后。
朝廷宣布大赦。
“内核解读”
这段史料生动还原了东晋末年王恭叛乱的兴衰全过程，其中交织着权力斗争的残酷、人性判断的偏差与时代格局的动荡，为我们透视东晋门阀政治的崩塌与军事势力的崛起提供了鲜活注脚。