对于大明的海防，也是朱载坖主要关注的问题，对于大明的海防而言，主要就是由三大防区所组成，第一就是拱卫京师，荫蔽辽东和山东等地的海防，对于朝廷来说，这是最要命的事情，毕竟天津距离京师不过咫尺之遥，所以朱载坖不仅仅在天津设立了海防总兵，专门执掌天津的海防，同时北洋水师作为朝廷的腹心之地的防御，分别屯驻天津、大连等地，拱卫京师，作为京畿兵防的一部分。

而除了京畿和辽东海防之外，其次就是东南海防，东南对于大明的重要性，是不言而喻的，东南是大明重要的财赋来源，经济重心，东南海关和工商赋税冠绝天下，向大明财政提供了大量的钱粮，同时更是留都所在，自然也是海防的重点，不过由于现在大明已经控制了倭奴，东海较为平静，但是真正的威胁主要是来自于南洋，主要是西夷对于大明的威胁。

同时大明主要是要应对南洋的威胁，东海水师不仅仅要承担驰援倭奴都统使司的任务，还有就是屏障东南，保卫京师的重要的任务，这点是极为重要的，而对于整个大明的海防来说，重点是在南洋，朱载坖认为大明应该牢牢控制出南洋，实施舰队水师制海和要地守卫兼备的海防战略。

朝廷在南洋以满剌加、淡马锡、吕宋作为大明在南洋重要的战略支点，同时以这些要地控制重要的海峡、水道等事务，这样才能够彻底控制住南洋，不让西夷渗透进来，这是朱载坖对于海防最重要的安排，朱载坖认为，大明只要控制住台湾和倭奴都统使司，就可以稳定东海的情况，而真正要命的是南海。

虽然大明也在一直经略南洋，但是西夷的势力也在不断地渗透，朱载坖断言，大明和这些西洋必有一战，而水师，将会是这场大战的主力，朱载坖对太子、皇太孙已经诸位辅臣们说道：“诸位，南洋之重，朕就不必多言了吧？若南洋有失，则何以御敌？若大明不在南洋御敌，就要在两广御敌，若两广失利，就要在苏松御敌，诸位明白这个道理吗？”

太子、皇太孙和重臣们当然明白这个道理，大明开海这么多年，对于海洋已经不是那么陌生了，同时对于这些西夷，大明也逐渐有了一些了解，尤其是这些西夷在南洋的所作所为，都传到了大明，他们暴虐嗜杀，绝非善类，不少官员都已经上疏认为朝廷要严加防备，严防这些人生事。

朱载坖认为，必须要在南洋建立起大明的海防体系，将西夷堵在南洋之外，保证大明本土不受威胁，这点是毋庸置疑的，所以大明将安南都护府、南洋水师和南洋外府、南洋的番邦属夷以及缅甸等处的水陆驻军，作为朝廷的在南洋的重要军事存在，扼守马六甲海峡，使得西夷不得跨过海峡，对于大明本土构成威胁。

同时以吕宋、缅甸等地作为第二道防线，拱卫安南、交趾和两广，作为保卫大明本土的最后一道防线，这点是极为重要的，而除此之外，就是西南等处的土司了，之前的杨应龙之叛，已经深刻说明了这些土司是不可靠的，所以大明在国内的重点就是继续推行改土归流，消灭土司制度，加强朝廷对于边疆地区的控制。